La historia se desarrolla 25 años después de los últimos hechos de Mortal Kombat 9, poniendo énfasis en los veteranos de edad, nuevos personajes y los descendientes de última generación de los combatientes anteriores. Tras la muerte de Shao Kahn, Shinnok ataca a la Tierra con su ejército de fuerzas de Netherrealm, incluidos los guerreros de Earthrealm, que murieron durante la invasión de Shao Kahn y fueron resucitados, pero ahora están bajo el control de Quan Chi. Después de luchar contra sus antiguos compañeros, Johnny Cage, Sonya Blade y Kenshi, junto a un equipo de ataque, abren un portal a la Cámara Jinsei, la fuente de la fuerza y vida del Reino de Earthrealm, donde Raiden y Fujin están luchando contra Shinnok. Ellos distraen a Shinnok tiempo suficiente para que Raiden pueda robar el amuleto de Shinnok y encarcelarlo dentro del amuleto, pero Quan Chi logra escapar.